Fortunato Ortombina è nato a Mantova, ha compiuto gli studi musicali e umanistici presso il Conservatorio e l’Università di Parma. Dal 1980 al 1997 ha lavorato presso il Teatro Regio di Parma in qualità di professore d’orchestra, artista del coro, aiuto maestro del coro e maestro collaboratore (suggeritore, maestro di sala e di palcoscenico).

Si è laureato in Lettere a pieni voti con lode nel 1987 con una tesi sul Teatro d’opera in Italia durante l’occupazione napoleonica, e seguendo corsi di filologia verdiana con Philip Gossett. Tra il 1988 e il 1990 ha collaborato al Festival Verdi con ricerche e pubblicazioni sulla civiltà musicale di Parma negli anni della formazione di Giuseppe Verdi.

Successivamente ha preso parte al progetto di edizione delle opere di Giacomo Meyerbeer promosso dalla Ricordi di Monaco di Baviera e dall’Università di Bayreuth.

 Dal 1990 al 1998 ha lavorato presso l’Istituto nazionale di studi verdiani con particolari responsabilità sia per lo studio e la trascrizione degli autografi del compositore, tra cui l’abbozzo di La traviata, sia per la pubblicazione dei suoi carteggi con Giulio Ricordi, Salvatore Cammarano e Antonio Somma.

Ha inoltre compiuto la catalogazione di tutte le lettere conservate a Sant’Agata.

Nel 1993 ha pubblicato l’unico autografo ad oggi conosciuto di Giuseppe Verdi su testo di Alessandro Manzoni, «Sgombra, o gentil», uno studio sulla genesi di Rigoletto e parte della biografia verdiana pubblicata nel CD rom Verdi realizzato dall’editore De Agostini.Dal gennaio 2007 è Direttore Artistico del Teatro La Fenice e dal novembre 2017 ne diviene anche Sovrintendente.Dal 17 febbraio 2025 è Sovrintendente e Direttore Artistico della Fondazione Teatro alla Scala.